Der Fliegerhorst ab 1956 – Bundesluftwaffe
Am 28. November 1955 senkte sich zum letzten Mal auf dem Fliegerhorst Uetersen der Union Jack, damit endete die Ära der Royal Air Force am Standort. Zunächst übernahm die Bundesvermögensverwaltung den Standort und führte umfangreiche Renovierungsarbeiten durch.
Die Aufstellung der Bundeswehr hatte zu diesem Zeitpunkt gerade erst mit der Ernennung der ersten Soldaten am 12. November 1955 in Andernach begonnen. Im März 1956 begann man mit dem Aufbau einer Standortverwaltung und kurz darauf, am 4. April 1956 erschien das Vorkommando der 1. Luftwaffen-Lehrkompanie aus Nörvenich auf dem Fliegerhorst. Anfänglich führte man Lehrgänge für Kriegsgediente Luftwaffensoldaten durch, jedoch bildete die Kompanie im Mai 1956 bereits den Grundstock für die Aufstellung des Luftwaffenausbildungsregiments 1. Die erste Vereidigung von Soldaten fand am 19. Oktober 1956 statt.
Parallel wurden das 1. Musikkorps der Luftwaffe und eine Fliegerhorstgruppe aufgestellt. Helmut Jaekel, als Regierungsbeamter in der Fliegerhorst-Verwaltung tätig, begann mit der Begründung einer Luftwaffen-Sammlung, aus der später das Luftwaffen-Museum hervorging.
Am 01. November 1956 gliederte sich das III. Bataillon des Luftwaffenausbildungsregiments 1 in das Flugzeugführeranwärterbataillon um. Es führte die vorfliegerische Ausbildung von angehenden Flugzeugführern durch. Dieser Verband erhielt zu diesem Zweck das Flugzeug Piper L 18. Bereits eineinhalb Jahre später erfolgte die Umgliederung des Flugzeugführeranwärterbataillon in das Fluganwärterregiment 1.
Am 16. Februar 1962 kam es in Norddeutschland zur Sturmflutkatastrophe, bei der im Kreis Pinneberg vor allem die Truppe des Fliegerhorstes Uetersen zum umfangreichen Einsatz kam.
Im Jahr 1972 fand der reguläre militärische Flugbetrieb ein Ende, als die Verlegung der fliegerischen Komponente des Fluganwärterregimentes nach Neubiberg abgeschlossen war. Ein verkleinertes Fluganwärterregiment verblieb auf dem Fliegerhorst.
Am 01. März 1973 erfolgte die Aufstellung der 18. Kompanie Fernmelderegiment 33, die den Auftrag des Tieffliegermeldedienstes wahrnahm.
Nachdem der Flugbetrieb eingestellt worden war, hatte der Standort seine Funktion als klassischer Fliegerhorst verloren. Am 24. Oktober 1975 erfolgte seine Umbenennung von Fliegerhorst Uetersen in Marseille Kaserne, nach dem Jagdflieger Hans-Joachim Marseille des Zweiten Weltkrieges.
Im Zuge von Umgliederungen erfolgte am 30. September 1981 die Auflösung des Fluganwärterregiments und am 21. Juni 1988 die Auflösung des Luftwaffenausbildungsregiments 1. Stattdessen zog am 01. Juli 1988, mit ihrer Aufstellung, die neue Unteroffizierschule der Luftwaffe in die Kaserne ein, mit dem Zweck die Unteroffizierausbildung der Luftwaffe zu zentralisieren.
In Folge des Zusammenbruches des Warschauer Paktes und der Wiedervereinigung verließ die 18. Kompanie des Fernmelderegiments 33 im Jahr 1991 die Marseille-Kaserne in Richtung Faßberg. Das Luftwaffenmuseum zog über die Jahreswende 1994/1995 an seinen neuen Standort Berlin-Gatow um.